양도소득세 - 다주택자의 장기보유특별공제 제외 규정 총정리

장기보유특별공제(이하 장특공)는 양도세 절세의 핵심이지만, 다주택자에게는 원칙적으로 적용이 제한됩니다. 특히 조정대상지역 내 다주택자는 장특공이 전면 배제되는 경우가 많아 같은 보유기간·같은 차익이라도 세금 차이가 수천만~수억 원까지 벌어집니다.

 

이번 글에서는 다주택자의 장특공 제외 원칙 → 예외적으로 가능한 경우 → 다시 공제를 받는 전략까지 현행 세법과 실무 판례 흐름을 반영해 정리합니다.

 

 

 

 

 

 

 

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1. 다주택자 장특공 제외의 기본 원칙

 

장특공은 “장기간 보유”에 대한 보상 성격의 제도이지만, 투기 억제 정책에 따라 다주택자에게는 제한적으로 적용됩니다.

원칙

• 조정대상지역 내 다주택자 → 장특공 배제
• 비조정지역 → 일부 예외 존재

 

즉, 다주택자라는 이유만으로 무조건 배제되는 것은 아니며 지역(조정/비조정)과 주택 수가 핵심 변수입니다.

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2. 장특공이 배제되는 대표적인 경우

 

① 조정대상지역 2주택 이상

• 양도일 현재 2주택 이상 보유
• 조정대상지역에 위치한 주택을 양도

이 경우 보유기간이 아무리 길어도 장특공 0%입니다.

② 조정대상지역 3주택 이상

3주택 이상은 장특공 배제 + 중과세까지 적용될 수 있어 세부담이 가장 큽니다.

③ 분양권·입주권 포함 다주택

• 분양권은 주택 수에 포함
• 입주권은 시점에 따라 포함

 

주택 수 계산에 분양권·입주권을 놓치면 장특공 배제 여부 판단이 완전히 달라집니다.

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3. 장특공 배제의 법적 근거

 

소득세법은 조정대상지역 내 다주택자에 대해 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 명시하고 있습니다.

이는 “보유기간 장려”보다 “투기 억제”를 우선시한 정책 판단으로, 실무에서도 매우 엄격하게 적용됩니다.

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4. 비조정대상지역 다주택자의 장특공

 

비조정대상지역에서는 다주택자라도 장특공이 제한적으로 허용됩니다.

비조정지역 장특공 기준

• 보유 3년 이상 → 연 2%씩
• 최대 30% 한도

 

단, 1세대1주택 장특공(최대 80%)은 적용되지 않으며, 일반 장특공만 가능하다는 점을 반드시 구분해야 합니다.

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5. 장특공이 다시 살아나는 경우(가장 중요)

 

다주택자라도 다음 경우에는 장특공을 다시 적용받을 수 있습니다.

① 비과세 전환 후 양도

• 주택 수를 정리해 1주택이 된 경우
• 1세대1주택 요건 충족 시

→ 이 경우 1세대1주택 장특공(최대 80%) 적용 가능

② 주택 수 제외 특례 활용

• 상속주택 주택 수 제외
• 농어촌주택 특례
• 장기임대주택 특례

주택 수에서 제외되면 형식상 다주택자라도 “1주택자”로 복귀할 수 있습니다.

③ 비조정지역 주택 양도

비조정지역 주택은 다주택자라도 일반 장특공 적용이 가능해 세부담을 줄일 수 있습니다.

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6. 실전 사례로 보는 장특공 제외 vs 적용

 

사례 ① – 조정대상지역 2주택

• 서울 아파트 2채 보유
• 보유 10년

→ 장특공 0% → 장기보유했어도 공제 불가

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사례 ② – 주택 수 정리 후 양도

• 서울 아파트 2채 → 1채 매도
• 남은 1채 보유·거주 요건 충족

→ 1세대1주택 장특공 최대 80% 적용 가능

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사례 ③ – 비조정지역 주택 양도

• 수도권 외 비조정지역 주택
• 보유 15년

→ 장특공 30% 적용 가능

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7. 다주택자 장특공 관련 흔한 오해

 

• “보유 오래 하면 무조건 공제된다” → ❌
• “장특공은 자동 적용이다” → ❌
• “주택 수는 나중에 정리하면 된다” → ❌
• “분양권은 주택 수 아니다” → ❌

장특공은 조건 충족 시에만 적용되는 ‘선택적 혜택’입니다.

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8. 다주택자를 위한 장특공 전략 4가지

 

• ① 조정대상지역 주택은 마지막에 매도
• ② 주택 수 제외 특례 적극 활용
• ③ 비조정지역 주택부터 정리
• ④ 분양권·입주권 시점 관리

특히 “어느 집을 먼저 파느냐”에 따라 장특공 적용 여부가 완전히 달라집니다.

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9. 결론 – 다주택자에게 장특공은 ‘조건부 기회’다

 

다주택자의 장기보유특별공제는 원칙적으로 제한되지만, 주택 수 관리와 순서 전략에 따라 다시 열릴 수 있는 기회입니다.

장특공을 살리려면 양도 직전의 주택 수, 지역, 특례 적용 여부를 반드시 종합적으로 검토해야 합니다.

 

다음 글에서는 조정대상지역 주택 수 계산, 중과세 구조, 중과 배제 전략을 이어서 정리해드리겠습니다.

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